SM Sains Kuala Terengganu (SESTER) merupakan Sekolah Berasrama Penuh (SBP) ke-35 yang ditubuhkan oleh Kementerian Pelajaran Malaysia. Sekolah ini dibuka pada 16 Julai 2000, mengambil alih tapak Maktab Perguruan Pasir Panjang yang terletak di Jalan Pasir Panjang, Kuala Terengganu dan di atas tapak seluas 9.5 ekar.

Sekolah ini dirintis oleh 124 orang pelajar yang terdiri daripada 80 orang pelajar tingkatan empat dan 44 orang pelajar tingkatan enam rendah. Sekolah dipimpin oleh pengetua perintis Tuan Haji Mohamad bin Abdullah bersama-sama 23 orang guru.

Pelajar kumpulan pertama ini mengambil peperiksaan SPM dan STPM pada tahun 2001. Mulai tahun 2002 nama SESTER mulai terserlah, gah sebagai salah sebuah sekolah cemerlang dalam kalangan SBP dan negara. Keputusan SPM 2002 meletakkan SESTER tempat kelima terbaik SBP, manakala keputusan 2003, SESTER dinobatkan sebagai sekolah kedua terbaik SBP dan ketiga terbaik negara dengan gred purata 1.62.

Mulai tahun 2004, kelas tingkatan enam telah ditutup dan sekolah ini hanya membuka peluang kepada pelajar yang mengambil SPM sahaja untuk disesuaikan dengan keperluan semasa bagi memberi lebih banyak tempat kepada pelajar cemerlang PMR yang semakin meningkat.